6月5日，日本战时大本营在参谋本部内设立，下达向朝鲜增派混成旅团的动员令。

归国休假中的驻朝公使大鸟圭介，依照政府对朝鲜的既定方针，紧急凑集70名海军陆战队员赶赴朝鲜。

在仁川港与停泊在那里的5艘日舰汇合，临时从各舰抽调海军队员加入先遣陆战队，组成总员488名的临时战斗序列，赶往京城日本领事馆。

伊藤首相考虑到日清两国外交上的均衡，不赞成派遣大规模军队赴朝。

但军方强硬派主张必须打败清国在朝鲜的军事力量，雪&ldo;甲申事变&rdo;日本败北之耻，把清国势力赶出朝鲜。

伊藤对清国一贯的弱势外交，在国会内早已让许多人感到厌倦，正在组织力量试图推翻伊藤内阁。

伊藤没有别的选择只能顺应军方的要求，采取承诺对应的立场。

6月12日至18日，混成旅团第一批先发部队完成了仁川登陆的军事行动。

23日混成旅团主力包围京城，28日混成旅团全部登陆完毕，兵员增至8，000名，超过牙山清军2，000名的兵力数量。

在清日两国朝鲜出兵问题上，日本的情报准确、对应迅速、兵力占明显优势。

从地理位置上来看，清军驻防牙山偏僻之地，孤兵独处，前后无援。

日军驻防京城，兵临城下控制京畿，朝鲜近海日舰巡航警戒，两国第一轮军事对峙日本占据了绝对优势。

外交纷争

清国出兵朝鲜的决定，启动了清日两国十年前签订的《天津条约》中之约定，&ldo;今后朝鲜国若有重大变乱事件，清日两国如要派兵，须事先相互行文知照。

&rdo;6月6日，外务省电信课截获李鸿章指示驻日公使汪凤藻，知会日本政府清国出兵的电报。

6月7日，清国驻日公使汪凤藻向日本外相递交照会公文，文中声明：&ldo;此番清国派兵援助朝鲜乃我朝保护属邦之旧例，清国政府依据1885年清日《天津条约》中第三条规定，特知会日本政府。

&rdo;

日本外相立即回复照会：&ldo;承知贵国出兵朝鲜，但日本历来不承认朝鲜是清国属国。

日本政府为应对朝鲜之乱，保护本邦在朝居民安全，也准备向朝鲜派出若干军队。

&rdo;9日，清国总理衙门再致照会日本：&ldo;清国保护属国之行动，乃应朝鲜政府镇定国内民乱之请求。

然贵国派兵仅为保护居留民安全，故无需派遣大军入朝并不得进入朝鲜内地。

&rdo;日本拒绝了清国的要求，表示&ldo;日本派遣军队入朝，是根据日朝《济物浦条约》主旨以及日清《天津条约》之约定，属于条约分内之举动与清国的主张无关。

&rdo;日本为介入朝鲜事务的军事行动，牵强附会制造了出兵的&ldo;合理名分&rdo;。

全州陷落，清日两国出兵，在国内外政治军事压力下，6月10日朝鲜宫廷向农民军妥协，命全罗监司金鹤镇与农民军谈判。

双方达成《全州和议》，政府承诺了农民军的要求。

（1）停止迫害起义者和东学教徒，政府与东学党人合力维持社会秩序。

（2）查明贪官污吏的罪行，加以严惩。

（3）严惩横暴富豪。

（4）严惩不良儒林两班。